ČSOP připomínkoval koncepci lodní dopravy, kterou předložilo Ministerstvo dopravy. Nesouhlasné vyjádření svazu bylo předáno ministerstvu životního prostředí.
K celkovému pojetí koncepce lze vznést vážné výhrady. Zejména však k základním výchozím tezím, že vnitrozemská lodní doprava je nezbytná, potřebná, levná, ekologická atd., aniž se cokoliv z těchto „předpokladů“ dokládá. V koncepci chybí dostatečné zdůvodnění proč a nakolik je vnitrozemská lodní doprava pro ČR perspektivní vedle současných suchozemských systémů dopravy, jaké jsou její dopady na životní prostředí (krajina, voda, ovzduší, ekosystémové služby řek) a jaké je ekonomické pozadí (přínosy, investice a výdaje a jejich zdroje) a to včetně dalších nutných navazujících technických opatření které by ve stávajících přístavech zajistily napojení na skladové areály a zpracovatelské provozy.
ČSOP dále vyjádřil svou obavu z dopadů na přírodu a krajinu u případného vybudování plavebního stupně u Děčína, které předložená koncepce považuje za klíčové opatření. Předpokládaná technická opatření mají v dané lokalitě zajistit lepší plavební podmínky, zkrátit délku trvání přerušení plavby z důvodu nedostatečných vodních stavů, zajistit minimální ponor 140 cm po 345 dnů v průměrně vodném roce, zvýšit využitelný ponor vedoucí k vyšší efektivnosti provozu vodní dopravy zajištěním parametru ponoru 220 cm po 180 dnů v průměrně vodném roce. Přestože koncepce nezachází v tomto případě více do dalších podrobností, jsou obavy z nevratného poškození dochovaného přírodního bohatství na místě. Území s těmito navrhovanými opatřeními je zařazeno mezi evropsky významné lokality soustavy NATURA 2000, tedy jde o území přírodovědně hodnotné z pohledu celého Evropského společenství.
Koncepce vodní dopravy s kódovým označením MZP235K, byla předložena k veřejnému projednávání v rámci procesu SEA a je dostupná na stránkách Informačního systému SEA – Cenia
(http://portal.cenia.cz/eiasea/detail/SEA_MZP235K).